Управление и организацию научной, инновационной, международной деятельностью и дополнительным образованием института осуществляет начальник отдела по науке, международным связям и дополнительному образованию (НМСиДО).

Ученый Совет института регулярно рассматривает вопросы, связанные с научной и инновационной деятельностью.

Отдел по НМСиДО разрабатывает концепцию научно-исследовательской и инновационной деятельности, которая затем утверждается Ученым Советом.

Планирование научно-исследовательской работы (НИР) ведется в рамках основных научных направлений института. Ежегодно формируются планы по следующим направлениям:

• НИР по федеральным научно-техническим и целевым программам;
• НИР по заданию и программам Министерства науки и образования России;
• НИР по грантам;
• НИР в рамках международного сотрудничества;
• НИР по хоздоговорам;

Научно-исследовательские работы выполняются научно-педагогическими работниками института, в рамках научных направлений кафедр. Научные направления кафедр полностью соответствуют профилю подготовки.

Учеными и преподавателями института ведется большая работа по рецензированию внешних научных трудов.

В настоящее время в институте ведутся научные исследования по следующим направлениям:

• Эксплуатационная надёжность;
• Энергосбережение;
• Оперативное управление процессами технического обслуживания гидрофицированных машин и оборудования;
• Исследование электромагнитной совместимости и качества электроэнергии в системах электроснабжения; Оптимизация, электромеханических систем экскаваторов;
• Совершенствование интеллектуально - информационных систем применительно к задачам техники и экономики;
• Региональная и муниципальная экономика;
• Разработка строительных материалов и технологий на основе местного сырья и отходов производства Республики Хакасия;
• Моделирование сезонного роста и формирования анатомической структуры годичных колец хвойных;
• Отклик на изменения климата и гидрологического режима территории в древесно-кольцевых хронологиях лесостепной и степной зон Южной Сибири;
• Взаимосвязи между урожайностью зерновых культур и древесно-кольцевыми хронологиями хвойных в лесостепной и степной зонах Южной Сибири. Возможность реконструкции динамики урожайности и качества зерна;
• Анализ влияния вспышек численности фитофагов на сезонный рост и анатомическую структуру годичных колец хвойных на территории Хакасии и сопредельных территорий.

Институт имеет договорные отношения с предприятиями Хакасии: ИП Стоянов М. М.; ИП Бухаркин А. В.; ИП Ли М. А.; МКУ «ОКС»; Госохранинспекция; ООО «Экспертиза недвижимости»; ООО «ЧПС»; РОО «Федерация Чир спорта РХ; ООО «ГЛАВЭКСПЕРТ»; ООО «Авангард»; ИП Демехин С. В.; ИП Гончаров В. А.; АО «Аэропорт Абакан».